Факультет был образован в 1984 году. Большой вклад в становление факультета и укрепление его материальной, научной и учебно-методической базы внес его первый декан, доцент, к.с.-х.н. Сымаков Александр Никифорович (работал в 1984—2000 годы).
Под его руководством были сформированы кафедры и набран штат квалифицированных преподавателей факультета.

Неоценимый вклад в формирование добрых традиций факультета в организации учебной, методической, научной и воспитательной работы внесли такие известные ученые-экономисты республики, как: Малютин С. Р. — профессор, д.э.н; Авдонина А. Л. — профессор кафедры организации аграрного производства, к.э.н., Павлов А. А. — профессор.

С 2000 года по 2010 год факультет возглавлял доцент Захаров А. И.
За этот период укрепляется и совершенствуется материально-техническая база факультета. Кафедры и лаборатории концентрируются в основном во втором учебном корпусе, происходит дальнейшее оснащение учебного процесса компьютерами и другими техническими средствами обучения, все кафедры соединяются в единую сеть с выходом в Интернет. Совершенствуются учебные планы подготовки специалистов по бухгалтерскому учету, анализу и аудиту, экономике и управлению предприятиями АПК.

В 2007 году в соответствии с договором о сотрудничестве, заключенным академией и ОАО «Россельхозбанк», на факультете начата подготовка бухгалтеров по специализации «Бухгалтерский учет, анализ и аудит в банках и других финансово-кредитных учреждениях». Ежегодно с 2007 года по 2010 год по данной специализации было набрано по 50 студентов для подготовки специалистов для банковских учреждений республики.