Кафедра была создана еще до образования экономического факультета, осенью 1934 года и носила название «Экономики и организации сельскохозяйственного производства». На базе данной кафедры создавались все остальные кафедры экономического факультета. В 1996 году кафедра экономики и организации сельскохозяйственного производства переименована в кафедру организации аграрного производства.

Первым заведующим кафедрой был доцент К. К. Крайнюк (1934—1936 г.г). В последующие годы кафедрой заведовали: доцент П. Н. Корнеев (1936—1945 г.г.), доцент М. Н. Рекубрацкий (1945—1949 г.г.), доцент Г. И. Калинцев (1949—1961 г.г.), доцент Ф. Ф. Полищук (1961—1962), доцент Г. А. Максимов (1974—1982 г.г.), доцент А. Л. Авдонина (1983—1993 г.г.), доцент А. Н. Сымаков (1994), доцент Ф. Н. Емельянова (1995—2001 г.г.), доцент А. Х. Александров (2002—2005 г.г.), профессор А. Л. Авдонина (2005—2009 г.г.). С 2009 г. заведующим кафедрой является доцент Димитриев В. Л.

Об организации учебно-методической, научно-исследовательской и воспитательной работы кафедры организации аграрного производства. Задача кафедры-подготовка высококвалифицированных, конкурентоспособных специалистов для агропромышленного комплекса. Кафедра является обеспечивающей.