Научно-исследовательская деятельность федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Чувашский государственный аграрный университет» (далее Университет) получает широкое развитие в 60-70 годы прошлого века. Этому способствовало строительство нового учебного корпуса, создание научных лабораторий и их оснащение необходимыми приборами, позволяющими проводить исследования, а также рост числа педагогических и научных кадров с учеными степенями и званиями. Научно-исследовательский отдел (НИО) университета был организован в 1961 году с административно-управленческим составам, в который входили начальник (руководитель), бухгалтер, старший инженер-патентовед, инженер-электрограф, водитель. НИО располагал лабораторным оборудованием, производственной площадью и работал по хозяйственным договорам с заказчиками. В работе отдела было занято 27 штатных единиц научных сотрудников и лаборантов.
В 80-е годы под руководством проректора по научной работе, заслуженного изобретателя Чувашской Республики, кандидата технических наук, профессора Кулакова Михаила Михайловича, в университете проводится значительная работа по повышению эффективности вузовской науки и расширению участия профессорско-преподавательского коллектива и студентов в проведении научных исследований.
Проректором по научной работе с 1 июля 1994 года назначают доктора ветеринарных наук, профессора Шуканова Александра Андреевича. В 1997 году научно-исследовательский отдел возглавляет доктор технических наук, профессор Мишин Петр Владимирович, а с начала 2003 года ‒ Максимов Иван Иванович, также доктор технических наук, профессор. С 2005 года проректором по научной и инновационной работе был кандидат химических наук, доцент Ершов Михаил Аркадьевич. В настоящее время курирует научно-исследовательскую работу университета проректор по учебной и научной работе Корнилова Людмила Михайловна.